La piccola rete viaria rispecchia quelle delle antiche città romane e nel corso principale si affacciano fiorenti attività artigianali, prime tra tutte la tradizionale lavorazione dei tessuti.

  Farfa fu fondata da Lorenzo Siro giunto in Italia, nel V secolo dalla Siria durante le persecuzioni degli eretici Ariani in Oriente. Una volta raggiunta la valle del Farfa, Siro costruì la prima chiesa sulle rovine di un tempio pagano dedicato alla dea Vacuna. Dopo la morte del suo fondatore la chiesa fu incendiata dai Longobardi, ancora non convertiti al cristianesimo, ed i monaci sopravvissuti emigrarono nei monasteri sorti nelle vicinanze.

  Nel VII sec. terminate le invasioni barbariche, il monastero fu ricostruito grazie all'opera di alcuni monaci guidati da Tommaso da Morienna.

  Nei primi anni del VIII secolo, dopo la conversione dei Longobardi al cristianesimo, Farfa godette della protezione del Duca di Spoleto ed acquisì dal duca Faroaldo innumerevoli possedimenti, tanto da far diventare Farfa un piccolo Stato autonomo.

  Alcuni elementi fondamentali, quali la posizione strategica, gli enormi possedimenti e l'abilità politica di alcuni suoi abati messa in evidenza dal Governatore di Farfa, l'Abate Sobrio Probatoche, nel 774, modificarono la linea politica e Farfa si schierò a favore del Papa e dei Franchi contro i Longobardi.

  L'alleanza con i Franchi di Carlo Magno contribuì all'acquisizione di enormi ricchezze e alla concessione della autonomia da qualsiasi potere civile e religioso. Tale circostanza ha permesso all'Imperatore Carlo Magno di visitare e soggiornare presso i monaci in più occasioni soprattutto prima di essere incoronato da Papa Leone III Imperatore del sacro Romano Impero.

  Farfa raggiunse il suo massimo splendore, fino a quando fu assediata dai Saraceni nel 890. Le truppe poste a difesa dell'Abate Pietro I, resistettero per sette anni fino a quando non decisero di abbandonare l'Abbazia che divenne facile preda per i Saraceni. I Saraceni meravigliati dalla bellezza e dalle strutture del luogo, rispettarono il luogo e quando quest'ultimi l'abbandonarono, gli abitanti nei dintorni incominciarono a fare razzia di quello che vi era all'interno, e accidentalmente provocarono un incendio che la distrusse.

  Nei primi del 900 sotto la guida dell'Abbate Rotfredo i monaci tornarono a Farfa , nel 967 con il ristabilirsi del potere imperiale sotto la dinastia degli Ottoni e grazie all'opera degli Abati Ugo I e Berardo I l'Abbazia tornò ad essere di nuovo un centro di potere.
Sotto la guida di Bernardo I l'Abbazia divenne di nuovo imperiale e nel 999 adottò la regola del monastero francese di Cluny.

  Durante l'impero di Enrico IV ed Enrico V, l'Abbazia, essendo schierata dalla loro parte fu coinvolta nella lotta per le investiture tra il papato e l'impero. La lotta, tra il Papa Enrico V (che non avendo eredi aveva poca propensione a proseguire la lotta) si concluse con il Concordato di Worms nel 1122, che decise la sovranità assoluta del papato sulle terre della Chiesa, così iniziò anche la decadenza dell'abbazia che perse il titolo imperiale così come la sua autonomia e fu assoggettata alla volontà pontificia. Con la decadenza economica e la crisi monastica del XIV secolo si aggravò ulteriormente la situazione così nel XV secolo l'Abbazia fu affidata ad un cardinale commendatario, che veniva scelto di volta in volta tra i rampolli delle famiglie patrizie di Roma.